熒光定量PCR儀有單通道，雙通道，和多通道。當只用一種熒光探針標記的時候，選用單通道，有多熒光標記的時候用多通道。單通道也可以檢測多熒光的標記的目的基因表達產物，因為一次只能檢測一種目的基因的擴增量，需多次擴增才能檢測完不同的目的基因片段的量。熒光定量PCR儀比普通的PCR儀多了熒光信號采集系統和計算機分析處理系統，實時熒光定量PCR儀主要是用來定量分析和確定基因轉錄水平的，而普通的PCR儀是做定性分析和擴增基因片段，定量PCR儀可以做普通PCR儀的工作，而反之就不行了，況且這樣代價太大了，一般的實驗室都不允許這樣做的。總之兩者的功能不能互相取代。