定量PCR儀主要由兩部分組成，一個是PCR系統，一個是熒光檢測系統。選擇定量PCR儀的關鍵——由于定量PCR必需借助樣本和標準品之間的對比來實現定量的，對于定量PCR系統來說，重要的參數除了傳統PCR的溫控精確性、升降溫速度等等，更重要的還在于樣品孔之間的均一性，以避免微小的差別被指數級放大。
至于熒光檢測系統，多色多通道檢測是當今的主流趨勢——儀器的激發通道越多，儀器適用的熒光素種類越多，儀器適用范圍就越寬；多通道指可同時檢測一個樣品中的多種熒光，儀器就可以同時檢測單管內多模版或者內標樣品，通道越多，儀器適用范圍越寬、性能就更強大。熒光檢測系統主要包括激發光源和檢測器。激發光源有鹵鎢燈光源、氬離子激光器、發光二極管LED光源，前者可配多色濾光鏡實現不同激發波長，而單色發光二極管LED價格低、能耗少、壽命長，不過因為是單色，需要不同的LED才能更好地實現不同激發波長。監測系統有超低溫CCD成像系統和PMT光電倍增管，前者可以一次對多點成像，后者靈敏度高但一次只能掃描一個樣品，需要通過逐個掃描實現多樣品檢測，對于大量樣品來說需要較長的時間。
定量PCR儀需要考慮的另外一個因素是軟件設計，這一點目前較新型號的儀器都有不錯的配套軟件可以滿足常規使用。