幾個基本原則：1. 必須是現有機器配置可以檢測到的。2. 對于多色實驗，熒光素本身的熒光強度和抗原表達的水平應該是反比。簡單的說表達多的抗原所使用的熒光素要選相對較暗的，而表達低的就選較亮的。3. 多色實驗選不同激光激發，釋放光譜重疊小的熒光素。

光源的選擇主要根據被激發物質的激發光譜而定。氬離子激光器的發射光譜中，綠光514nm和藍光488nm的譜線強，約占總光強的80%；氪離子激光器光譜多集中在可見光部分，以647nm較強。免疫學上使用的一些熒光染料激發光波長在550nm以上，可使用染料激光器。將有機染料做為激光器泵浦的一種成份，可使原激光器的光譜發生改變以適應需要即構成染料激光器。例如用氬離子激光器的綠光泵浦含有Rhodamine 6G水溶液的染料激光器，則可得到550～650nm連續可調的激光，尤在590nm處轉換效率高，約可占到一半。紫色激光器熒光染料 405 nm 激發。適用于豐度較高的抗原。綠色和黃綠色激光器的熒光染料 532 561 nm 激發。用于配有合適的濾光片通道的流式細胞儀光耐受強并且不依賴于PH值，是熒光顯微鏡技術的選擇藍光激光器熒光染料 488 nm 激發。適用于熒光顯微鏡技術。紅光激光器熒光染料 633 nm 激發。適用于配備氦氖激光器或紅色二極管激光器的流式細胞儀